在与水有关的很多工程中，使用复合土工膜防渗一直以来是较优的一种选择，因为它不仅有着较好防渗作用，而且还价格低廉，能节省工作时间和工程投资。
作为一种理想的柔性材料，虽然在工程中得到较为广泛的使用，但是相比混凝土等防渗处理技术，也是存在一定的薄弱环节：
缺点一：容易破裂
复合土工膜是一种高分子材料，比较软比较薄，所以在施工时容易造成膜体的破裂，从而影响防渗的能力。这种可能是多方面的，比如：施工之前对基础场地清理的不干净，残留的尖锐物体把复合土工膜刺破。或者是在铺设完毕后进行上层覆盖或其他施工时工人操作不当，造成损坏。这些情况一般是可以避免的。
缺点二：老化或被腐蚀
复合土工膜在污水处理或市政填埋项目中都会被用到，用来阻止一些有腐蚀性的污染物侵入自然环境，在类似工程中要考虑化学性腐蚀的可能性，增加防渗层的厚度。而老化是一种自然的现象，任何时候任何东西都会发生这种情况，在地下掩埋的复合土工膜使用寿命可达几十年，通常都会超过建筑物的维护保养期限。
缺点三：自然生物侵袭破坏
通常这种情况容易出现在复合土工膜埋的比较薄时，强大的植物根系有可能会对其造成损害，而像老鼠等一些啮齿动物在地下打洞时候也容易造成伤害。
缺点四：在运转中出现的其他问题
在建筑物的运转时，出现地基沉降或倾斜、极寒天气下的冻裂等情况也会影响到最后的防渗效果。
复合土工膜虽然是一直较便宜实用的防渗材料，但是也会有一些缺点，对于可能会出现的缺点问题要在施工前期就要尽量避免，以保证其良好的工作状态。
